O SNPCE foi criado pelo Decreto-Lei n.º 43/2020, de 21 de julho, com o objetivo de organizar e preparar os setores estratégicos do Estado para responder a situações de crise.
A criação do SNPCE, com base num diploma próprio, concretiza o disposto no n.º 1, do artigo 36.º, do Decreto-Lei n.º 45/2019, de 1 de abril, que aprova a orgânica da Autoridade Nacional de Emergência e Proteção Civil (ANEPC) e com a necessidade de finalizar a divisão de competências entre esta e os órgãos que integram este novo sistema.